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Shape and volume of internal chambers in proteins

  • 작성일 : 2023-04-05
  • 조회수 : 100
  • 작성자 : 관리자

Calculation of internal chamber volume



1. Program à channel finder of 3V:Voss Volume Voxelator
(http://3vee.molmovdb.org/channelFinder.php)
(http://3vee.molmovdb.org/에서는 다양한 surface계산이 가능)

2. 예시에서 Ferritin internal chamber를 선택하여 단백질 내부의 거대 chamber계산에 
적합한 parameter 획득
(Critical point: 분석 목적과 비슷한 예를 선택)

Citation:
'3V: cavity, channel and cleft volume calculator and extractor' 
Nucleic Acids Res. 2010 July 1; 38(Web Server issue): W555–W562 



3. 결과 (.mrc) 파일을 PyMOL을 통해 확인


by Neil R. Voss and Mark Gerstein